Mudanças entre as edições de "Minicluster:Linux"
De WikiLICC
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* [http://www.pcworld.idg.com.au/article/208829/debian_linux_cluster_beats_supercomputer_tsunami_warnings?pp=1] ''We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...'''Debian''' as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...'' | * [http://www.pcworld.idg.com.au/article/208829/debian_linux_cluster_beats_supercomputer_tsunami_warnings?pp=1] ''We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...'''Debian''' as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...'' | ||
| − | Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em | + | Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é [http://www.fedoraproject.org Fedora 25] e a máquina possui '''arquitetura x86-64'''. |
| − | + | * Para versão Fedora13, ver [[Minicluster:Linux:Fedora13]] | |
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| − | + | * Download do Fedora-25-Workstation 64 bits. | |
| − | + | * Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045) | |
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| − | * | + | ** '''/boot''': 1000 MiB, '''ext4''', /sda1 |
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| − | + | Seta o nome da máquina mestre: | |
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| − | + | ==Pacotes Fedora 25== | |
| − | + | * Atualizar os pacotes do Linux depois da instalacão: | |
| − | + | dnf update dnf | |
| + | dnf update | ||
| − | + | * Instalar um desktop mais leve: | |
| − | * | + | dnf group install lxde-desktop |
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| − | + | dnf remove vim-minimal # conflito com o vim-enhanced abaixo | |
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| − | + | * Instalar | |
| − | + | dnf install sudo # removido com o comando acima? | |
| − | + | dnf install htop atop | |
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| + | dnf install terminator | ||
| + | dnf install gcc-gfortran gcc-g++ | ||
| + | dnf install mariadb php | ||
| + | dnf install wol # Pacote WakeOnLan | ||
| + | * Instalar gcc 4.9 | ||
| + | ** [[Minicluster:Gcc49]] | ||
| − | + | * Ativar ssh | |
| − | + | systemctl enable sshd.service # habilita iniciar no boot | |
| + | systemctl start sshd.service # inicia o sshd | ||
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| − | + | ** [[Linux:Pacotes]], firefox, java-1.x.x, thunderbird, cmake..., | |
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| − | + | Instalar openmpi. Ver [https://fedoraproject.org/wiki/Packaging:MPI]. (No F13 tinhamos mpich2 e mpich2-devel) | |
| + | dnf install openmpi | ||
| − | * | + | ==Configurações: mestre e escravo== |
| + | * Desabilitar alguns serviços (ver [http://www.hscripts.com/tutorials/linux-services/acpid.html Serviços]): | ||
| + | systemctl disable bluetooth.service | ||
| + | * Outros servicos desabilitados no fedora13: ip6tables,irda, speech-dispatcherd, btseed, bttrack, dc-client, dc-server (desabilitados nos escravos fedora13: cups) | ||
| − | == | + | * Configurações para todos os usuários. Na inicialização: |
| − | + | [root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh | |
| − | + | # configuracoes pessoais | |
| + | if [ "$PS1" ]; then | ||
| + | PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ "; | ||
| + | if [ `id -u` = "0" ]; then | ||
| + | PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] '; | ||
| + | else | ||
| + | PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] '; | ||
| + | fi | ||
| + | fi | ||
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| + | PATH=$PATH:$HOME/bin | ||
| + | export PATH | ||
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| + | alias vi=vim | ||
| + | # LANG="en_US.UTF-8" | ||
| − | + | Dica: O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários. | |
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| + | ==Configurações: mestre== | ||
| + | === Placa de rede e Internet === | ||
| − | + | Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web). | |
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| − | + | Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS | |
| − | * | + | * Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina '''one''' |
| + | * A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.116 | ||
| − | + | ===Hostnames=== | |
| − | + | [root@one]$ vi /etc/hosts | |
| − | + | ||
| − | + | 127.0.0.1 localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix | |
| − | + | ::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix | |
| − | + | ||
| − | + | 143.54.226.61 euler | |
| − | + | 143.54.226.62 turing | |
| − | + | 143.54.226.118 hunter hunter.mat.ufrgs.br | |
| − | + | ||
| − | + | 192.168.0.108 cell108 | |
| − | + | 192.168.0.109 cell109 | |
| − | + | 192.168.0.110 cell110 | |
| − | + | 192.168.0.111 cell111 | |
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| − | + | 192.168.0.112 cell112 | |
| − | + | 192.168.0.113 cell113 | |
| − | + | 192.168.0.114 cell114 | |
| − | + | 192.168.0.115 cell115 | |
| − | + | ||
| − | + | 192.168.0.116 cell116 | |
| − | + | 192.168.0.117 cell117 | |
| − | + | 192.168.0.118 cell118 | |
| − | + | 192.168.0.119 cell119 | |
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| − | + | 192.168.0.120 cell120 | |
| − | + | 192.168.0.121 cell121 | |
| − | + | 192.168.0.122 cell122 | |
| + | 192.168.0.123 cell123 | ||
| − | + | === Firewall === | |
| − | + | Foi necessário desativar o firewall do linux (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [http://news.softpedia.com/news/Iptables-Basic-Guide-35969.shtml]) | |
| − | + | [root@one]$ systemctl status firewalld | |
| − | + | [root@one]$ systemctl disable firewalld | |
| − | + | Se for necessário reiniciar use: | |
| − | + | [root@one]$ systemctl enable firewalld | |
| − | + | Veja em [https://www.liquidweb.com/kb/how-to-start-and-enable-firewalld-on-fedora-23/] ou mais antigos [http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/mpich-discuss/2006-August/001521.html] e [http://lists.mcs.anl.gov/pipermail/mpich-discuss/2006-August/001526.html] e followups. | |
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| − | + | === SELinux === | |
| − | + | Pode ser complicado configurar, foi desligado por sugestão do DRBL. Veja [[SELinux]]. | |
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| − | + | Para desabilitar o SELinux, configure | |
| − | + | root@one $ vi /etc/selinux/config | |
| − | + | ... | |
| − | + | SELINUX=disabled | |
| − | + | ... | |
| − | + | e para mostrar o status, | |
| − | + | root@one $ /usr/sbin/sestatus | |
| − | + | SELinux status: disabled | |
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| − | == | + | === Usuários e grupos === |
| − | + | Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos, | |
| − | + | [root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago | |
| − | + | [root@one]$ groupadd -g 501 alunos | |
| + | [root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group | ||
| + | docentes:x:500: | ||
| + | alunos:x:501: | ||
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=Two cores ALIVE= | =Two cores ALIVE= | ||
grep -i core /proc/cpuinfo | grep -i core /proc/cpuinfo | ||
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model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz | model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz | ||
core id : 0 | core id : 0 | ||
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cpu cores : 2 | cpu cores : 2 | ||
| − | + | Com o comanto ''htop'' podemos ver os processos rodando por cpu. Também top, atop. | |
| − | + | ||
| − | [ | + | =Kernel= |
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| − | + | Último kernel instalado: | |
| − | + | [root]$ uname -a | |
| − | + | Linux one 4.8.6-300.fc25.x86_64 #1 SMP Tue Nov 1 12:36:38 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux | |
| − | + | ||
| − | + | <!-- | |
| − | + | == Escravo: Configurações == | |
| − | + | Não vamos instalar diretamente nos escravos. Usaremos DRBL. | |
| − | + | === Update e Instalação === | |
| − | + | Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte: | |
| − | Veja | + | |
| − | + | * Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo. | |
| − | + | tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm | |
| − | + | environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm | |
| − | + | mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm | |
| − | + | mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm | |
| − | + | * Importar as [http://www.linuxquestions.org/questions/fedora-35/public-key-not-installed-468615/ keys] necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm): | |
| − | + | [root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64 | |
| − | + | ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files | |
| − | + | [root@cell100]$ vi /etc/yum.conf | |
| + | .. | ||
| + | gpgcheck=0 | ||
| + | .. | ||
| + | |||
| + | * Instalar usando yum | ||
| + | |||
| + | [root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates | ||
| + | [root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates | ||
| + | [root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates | ||
| + | [root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates | ||
| + | --> | ||
| + | |||
| + | ==Veja também== | ||
| + | * Voltar a [[Minicluster]] | ||
| + | * [[Minicluster:Hardware]] | ||
| − | + | * http://www.linux.org/docs/ldp/howto/Beowulf-HOWTO/x49.html | |
| − | * | + | * http://www.phy.duke.edu/~rgb/brahma//beowulf_book/beowulf_book.html |
| + | * http://www.westgrid.ca/support/software | ||
| − | + | [[Categoria:Minicluster]] | |
Edição atual tal como às 01h49min de 19 de julho de 2017
O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:
- Debian 1.2.1
- Ubuntu 1.2 (based on Debian)
- Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
- Gentoo
- FreeBSD 1.2.1
Uma opinião do controle de Tsunamis
- [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...
Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é Fedora 25 e a máquina possui arquitetura x86-64.
- Para versão Fedora13, ver Minicluster:Linux:Fedora13
Índice
Fedora25
- Download do Fedora-25-Workstation 64 bits.
- Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)
Partições
Criar as partições.
- Selecionar Create custom layout. Crie as partições:
- /boot: 1000 MiB, ext4, /sda1
- /home: 5 GiB, ext4, /sda2
- /: 50 GiB, ext4, /sda3
- /swap: 5 GiB, swap, /sda5
Seta o nome da máquina mestre:
hostnamectl set-hostname one
Pacotes Fedora 25
- Atualizar os pacotes do Linux depois da instalacão:
dnf update dnf dnf update
- Instalar um desktop mais leve:
dnf group install lxde-desktop
- Remover
dnf remove vim-minimal # conflito com o vim-enhanced abaixo
- Instalar
dnf install sudo # removido com o comando acima? dnf install htop atop dnf install vim-enhanced emacs dnf install terminator dnf install gcc-gfortran gcc-g++ dnf install mariadb php dnf install wol # Pacote WakeOnLan
- Instalar gcc 4.9
- Ativar ssh
systemctl enable sshd.service # habilita iniciar no boot systemctl start sshd.service # inicia o sshd
- Outros:
- Linux:Pacotes, firefox, java-1.x.x, thunderbird, cmake...,
MPI
Instalar openmpi. Ver [2]. (No F13 tinhamos mpich2 e mpich2-devel)
dnf install openmpi
Configurações: mestre e escravo
- Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):
systemctl disable bluetooth.service
- Outros servicos desabilitados no fedora13: ip6tables,irda, speech-dispatcherd, btseed, bttrack, dc-client, dc-server (desabilitados nos escravos fedora13: cups)
- Configurações para todos os usuários. Na inicialização:
[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
# configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
if [ `id -u` = "0" ]; then
PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
else
PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
fi
fi
PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH
alias vi=vim
# LANG="en_US.UTF-8"
Dica: O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários.
Configurações: mestre
Placa de rede e Internet
Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).
Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS
- Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina one
- A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.116
Hostnames
[root@one]$ vi /etc/hosts 127.0.0.1 localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix ::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix 143.54.226.61 euler 143.54.226.62 turing 143.54.226.118 hunter hunter.mat.ufrgs.br 192.168.0.108 cell108 192.168.0.109 cell109 192.168.0.110 cell110 192.168.0.111 cell111 192.168.0.112 cell112 192.168.0.113 cell113 192.168.0.114 cell114 192.168.0.115 cell115 192.168.0.116 cell116 192.168.0.117 cell117 192.168.0.118 cell118 192.168.0.119 cell119 192.168.0.120 cell120 192.168.0.121 cell121 192.168.0.122 cell122 192.168.0.123 cell123
Firewall
Foi necessário desativar o firewall do linux (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [3])
[root@one]$ systemctl status firewalld [root@one]$ systemctl disable firewalld
Se for necessário reiniciar use:
[root@one]$ systemctl enable firewalld
Veja em [4] ou mais antigos [5] e [6] e followups.
SELinux
Pode ser complicado configurar, foi desligado por sugestão do DRBL. Veja SELinux.
Para desabilitar o SELinux, configure
root@one $ vi /etc/selinux/config ... SELINUX=disabled ...
e para mostrar o status,
root@one $ /usr/sbin/sestatus SELinux status: disabled
Usuários e grupos
Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos,
[root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago [root@one]$ groupadd -g 501 alunos [root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group docentes:x:500: alunos:x:501:
Two cores ALIVE
grep -i core /proc/cpuinfo model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz core id : 0 cpu cores : 2 model name : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz core id : 1 cpu cores : 2
Com o comanto htop podemos ver os processos rodando por cpu. Também top, atop.
Kernel
Último kernel instalado:
[root]$ uname -a Linux one 4.8.6-300.fc25.x86_64 #1 SMP Tue Nov 1 12:36:38 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Veja também
- Voltar a Minicluster
- Minicluster:Hardware
