Mudanças entre as edições de "Minicluster:Compilando MPI"
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* Veja sobre visualizadores em http://www.mcs.anl.gov/research/projects/perfvis/software/viewers/index.htm | * Veja sobre visualizadores em http://www.mcs.anl.gov/research/projects/perfvis/software/viewers/index.htm | ||
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Edição das 10h55min de 20 de março de 2012
- Configure o MPICH conforme [Minicluster:MPICH].
Índice
Conectando
Conecte-se a alguma máquina do instituto (Ex. hunter,euler,...).
Conecte-se a máquina one:
[dago@hunter]$ ssh dago@one
Verifique quais máquinas nós estão ativas:
[dago@one]$ pingcluster
Verifique os testes da sessão [Minicluster:MPICH], principalmente o último usando mpiboot. Inicie o daemon Verifique quais nós estão ativos (para nós ativos aparecem o último número do ip e para nós inativos aparece [ . ]):
[dago@one]$ pingcluster ==================== = MATRIX = ==================== [108][109][ . ][ . ] [112][113][ . ][ . ] [100] <- switch [116][117][ . ][ . ] [120][121][ . ][ . ] ====================
Verifique se os nós ativos estão conectados através do mpd formando um anel (os números após o '_' devem mudar):
[dago@one]$ ssh cell108 -T "mpdtrace -l" cell108_35232 (192.168.0.108) cell121_55680 (192.168.0.121) cell120_58236 (192.168.0.120) cell117_35568 (192.168.0.117) cell116_42441 (192.168.0.116) cell113_39465 (192.168.0.113) cell112_50931 (192.168.0.112) cell109_45891 (192.168.0.109)
Ok. Nós ativos e conectados através do daemon mpd. Cluster pronto para ser usado em paralelo.
Digitando
Abra um editor de textos (por exemplo o vi ou emacs):
[dago@one]$ vi hellompi.f90
e digite o programa abaixo:
program hellompi implicit none include "mpif.h" integer :: np, myid, ier,length character*80 :: nome call MPI_Init( ier ) call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, np, ier) call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myid, ier) call MPI_Get_processor_name(nome,length,ier) print *,"Sou o processo ", myid," de um total de ", np," rodando em ",nome call MPI_Finalize( ier ) end program
Compilando
- Conectado a máquina one, compile o programa (não compile conectados aos nós para não sobrecarregá-los):
[dago@one]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi
Rodando em um processador
- Inicie o mpd daemon:
[one]$ mpdboot -n 2 -f ~/.mpd.hosts [one]$ mpdtrace -l one.matrix_54419 (192.168.0.99) cell100.matrix_41888 (192.168.0.100)
Caso for utilizado rsh, iniciar o cluster com a opção --rsh=rsh
- Para rodar o programa em um processador, digite
[one]$ mpiexec ./hellompi
Rodando no cluster
- Para rodar em 4 processadores (2 máquinas x 2 processadores)
[one]$ mpiexec -l -n 4 ./hellompi 2: Sou o processo 2 de um total de 4 rodando em one.matrix 0: Sou o processo 0 de um total de 4 rodando em one.matrix 1: Sou o processo 1 de um total de 4 rodando em cell100.matrix 3: Sou o processo 3 de um total de 4 rodando em cell100.matrix
Usando o MPE
- Para compilar o programa:
[one]$ mpif90 hellompi.f90 -o hellompi -mpe=mpilog
- Para rodar o programa:
[one]$ mpiexec -l -n 4 ./hellompi
- Depois de rodar o programa, um arquivo Unknows.clog2 foi criado. Para visualizar a iteração entre os computadores:
[one]$ jumpshot Unknown.clog2
- Veja sobre visualizadores em http://www.mcs.anl.gov/research/projects/perfvis/software/viewers/index.htm
mpdtrace resulta vazio
Caso as máquinas não estejam conectadas através do mpd, o usuário pode formar ele mesmo um anel (Comunique ao Prof.Dagoberto por email para que possa iniciar o serviço). No momento, crie um arquivo ~/.mpd.hosts com os nós ativos (2 máquinas nesse exemplo):
[dago@cell108]$ vi ~/.mpd.hosts cell108 cell109
e inicie um anel
[dago@cell108]$ mpdboot -n 2 -f ~/.mpd.hosts
Verifique se funcionou.
[dago@cell108]$ mpdtrace -l cell108_41199 (192.168.0.108) cell109_52092 (192.168.0.109)