Mudanças entre as edições de "Minicluster:Compilando MPI"
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Edição das 15h37min de 6 de julho de 2010
MPICH sem funcionalidade Torque
Parece que na distribuição padrão não está presente. Para instalação veja Minicluster:Linux#Update
Neste paradigma, usuários (e sysadmins) são responsáveis por mais overhead e mais possibilidade de erros de configuração. É recomendado usar um scheduler and queue com Torque.
Configurações
Mpd significa "multi-purpose daemon." MPICH2 separa comunicação de processos de gerenciamento de processo usando o programa mpd para gerenciar qualquer processo usando MPI. Mpd necessita uma pequena configuração que não era necessário com MPICH1.
Para o usuário comum
Cada usuário deve ter um arquivo .mpd.conf no seu diretório /home/usuario/ e deve permitir acesso e leitura somente a este usuário.
[usuario@one]$ cd [usuario@one]$ vi .mpd.conf MPD_SECRET_WORD=yours3cr3tw0rd MPD_USE_ROOT_MPD=yes
onde
MPD_SECRET_WORDpode ser única para cada usuário.MPD_USE_ROOT_MPDespecifica que usuários não irão iniciar se próprio mpd daemons, mas irão usar um já rodando iniciado pelo root.
Para o usuário root
Similar aos usuários, o root precisa ter um arquivo mpd.conf em todos os nós localizado em
[root@one]$ cd /etc [root@one]$ vi /etc/mpd.conf MPD_SECRET_WORD=yours3cr3tw0rd
e permitir acesso leitura e escrita somente ao root
[root@one]$ chmod 600 /etc/mpd.conf
Para criar um script para todos os usuários
- Crie o arquivo acima em
[root]$ cd [root]$ vi .mpd.conf [root]$ chmod 600 /root/.mpd.conf
- Faça uma cópia para cada usuário:
for x in `ls /shared/home/`; do rsync -plarv /root/.mpd.conf /shared/home/$x/; chown $x:users /shared/home/$x/.mpd.conf; done
Troque /shared/home/ com o diretório home dos usuários e troque users com o grupo que os usuários estão.
Usuários futuros
Para usuários futuros terem automaticamente o arquivo criado, crie .mpd.conf em /etc/skel/ na máquina que os usuários são criados. Tenha certeza que as flags estejam setadas corretamente. Então rode
chmod 600 /etc/skel/.mpd.conf
para ter certeze que o arquivo tenha permissão de escrita e leitura para o usuário somente.
Testes
Configuring Worker Nodes to use Root's MPD Daemon
Starting up an mpd daemon for each user each time they log in is doable, but that requires an extra step of complexity for your users to understand. Plus, they'll need to remember to start up daemons on multiple machines when they run programs that require multiple processors (not just multiple processes).
An easier paradigm to follow is to start a single mpd daemon on each of the worker nodes and have users' programs attach to that daemon. Continue on to MPICH: Starting a Global MPD Ring to implement this.
IMPORTANTE: A maioria dos testes deve ser feito tanto na máquina one quanto na máquina cell100
Iniciar um Daemon
- Conecte-se a máquina (como root) e inicie mpd (multi-purpose daemon) para rodar em background
[ hunter ]$ ssh usuario@one [usuario@one]$ mpd --daemon
- Verifique se o mpd foi iniciado nesta máquina [deveria aparecer algo como o Nome.da.maquina_PID (endereco.ip)]:
[usuario@one]$ mpdtrace -l one.matrix_54419 (192.168.0.99)
- Teste também em cell100
Testar o mpdcheck em um nó
Seguindo o manual do [mpich2] e os testes do apêndice A.
- Testar em um nó (duas janelas diferentes então)
[dago@one ~] $ mpdcheck -s server listening at INADDR_ANY on: one.matrix 60582
Em outra janela, no mesmo nó
[dago@one ~] $ mpdcheck -c one 60582 client successfully recvd ack from server: ack_from_server_to_client
Que dará resposta na primeira janela
server has conn on <socket._socketobject object at 0x7fa130646980> from ('192.168.0.99', 54005)
server successfully recvd msg from client: hello_from_client_to_server
- Testar também em cell100
Rodar em uma máquina
É possível rodar um programa que não use MPICH com o mpd:
[dago@one ~]$ mpd --daemon [dago@one ~]$ mpiexec -n 1 /bin/hostname one.matrix [dago@one ~]$ mpiexec -l -n 4 /bin/hostname 1: one.matrix 2: one.matrix 0: one.matrix 3: one.matrix
- Testar em cell100
Testar o mpdcheck em um anel com dois nós
- Iniciar em one o processo mpdcheck (ver [1]):
[dago@one ~] $ mpdcheck -s server listening at INADDR_ANY on: one.matrix 60582
No outro nó, cell100
[dago@cell100 ~] $ mpdcheck -c one 60582 client successfully recvd ack from server: ack_from_server_to_client
Que dará resposta na primeira janela
server has conn on <socket._socketobject object at 0x7fa130646980> from ('192.168.0.99', 54005)
server successfully recvd msg from client: hello_from_client_to_server
- Fazer o teste ao contrário também, iniciando de cell100.
Rodar no anel de máquinas
No nó mestre
[one]$ mpd --daemon [one]$ mpdtrace -l one.matrix_44333 (192.168.0.99)
No nó escravo
[cell100]$ mpd -h one -p 44333 --daemon [cell100]$ mpdtrace -l cell100.matrix_58296 (192.168.0.100) one.matrix_44333 (192.168.0.99) [cell100]$
No nó mestre
[one]$ mpdtrace -l one.matrix_44333 (192.168.0.99) cell100.matrix_58296 (192.168.0.100) [one]$ mpiexec -n 2 /bin/hostname one.matrix cell100.matrix [one]$ mpiexec -n 4 /bin/hostname cell100.matrix one.matrix cell100.matrix one.phantom [one]$ mpiexec -l -n 4 /bin/hostname 1: cell100.matrix 2: one.matrix 0: one.matrix 3: cell100.matrix [one]$
Um programa hellompi em paralelo
[one]$ mpiexec -l -n 4 ./hellompi 0: Sou o processo 0 de um total de 4 rodando em one.matrix 1: Sou o processo 1 de um total de 4 rodando em cell100.matrix 2: Sou o processo 2 de um total de 4 rodando em one.matrix 3: Sou o processo 3 de um total de 4 rodando em cell100.matrix
Rodar um programa MPI
Abra o editor de texto e digite o programa "hello world" Creating and Compiling an MPI Program.
[usuario@one]$ vi hellompi.f90
...Compilando...
Para rodar o programa em um processo
[usuario@one]$ mpiexec ./hellompi
Rode novamente usando mais processos (e um processador - talvez 2 se for dual-core ?)
[usuario@cell100]$ mpiexec -np 4 ./hellompi Sou o processo 0 de um total de 4 rodando em cell100.matrix Sou o processo 2 de um total de 4 rodando em cell100.matrix Sou o processo 1 de um total de 4 rodando em cell100.matrix Sou o processo 3 de um total de 4 rodando em cell100.matrix
onde cell100.matrix é o nome da máquina (todas no mesmo nó ainda). Para rodar em mais máquinas, primeiro desligue o mpd
[usuario@one]$ mpdallexit
Testando o anel de máquinas
- ALELUIA. Funcionou!
No nó mestre
dago@um ~ $ mpd --daemon dago@um ~ $ mpdtrace -l um.phantom_44333 (192.168.0.99)
No nó escravo
[dago@cell100 ~]$ mpd -h um -p 44333 --daemon [dago@cell100 ~]$ mpdtrace -l cell100.matrix_58296 (192.168.0.100) um.phantom_44333 (192.168.0.99) [dago@cell100 ~]$
No nó mestre
dago@um ~ $ mpdtrace -l um.phantom_44333 (192.168.0.99) cell100.matrix_58296 (192.168.0.100) dago@um ~ $ mpiexec -n 2 /bin/hostname um.phantom cell100.matrix dago@um ~ $ mpiexec -n 4 /bin/hostname cell100.matrix um.phantom cell100.matrix um.phantom dago@um ~ $ mpiexec -l -n 4 /bin/hostname 1: cell100.matrix 2: um.phantom 0: um.phantom 3: cell100.matrix dago@um ~ $
Um programa hellompi em paralelo
dago@um fortran $ mpiexec -l -n 4 ./hellompi 0: Sou o processo 0 de um total de 4 rodando em um.phantom 1: Sou o processo 1 de um total de 4 rodando em cell100.matrix 2: Sou o processo 2 de um total de 4 rodando em um.phantom 3: Sou o processo 3 de um total de 4 rodando em cell100.matrix
Teste final
No mestre
dago@um ~ $ mpdboot -n 2 dago@um ~ $ mpdtrace -l um.phantom_40584 (192.168.0.99) cell100.matrix_59410 (192.168.0.100) dago@um ~ $ cd fortran/ dago@um fortran $ mpiexec -l -n 2 ./hellompi 1: Sou o processo 1 de um total de 2 rodando em cell100.matrix 0: Sou o processo 0 de um total de 2 rodando em um.phantom
Em cell100
[dago@cell100 fortran]$ mpdtrace -l cell100.matrix_59410 (192.168.0.100) um.phantom_40584 (192.168.0.99)
