Edição das 10h38min de 9 de julho de 2010

O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

Debian 1.2.1
- Ubuntu 1.2 (based on Debian)
Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
Gentoo
FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

[1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em contínua atualização. No momento a versão atual é Fedora 13 e a máquina possui arquitetura x86-64.

Índice

1 Windows XP
2 Fedora 13
3 Configurações: mestre e escravo
4 Configurações: mestre
5 Escravo: Configurações
- 5.1 Update e Instalação
6 Two cores ALIVE
- 6.1 Comando top
7 Problemas
- 7.1 Veja também

Windows XP

Optei não apagar a instalação do Windows XP.

Ligar a máquina e terminar a instalação do Windows XP
Baixar atualizações disponíveis
Desfragmentar o drive C:
IMPORTANTE: Rodar no windows duas vezes (caso haja falhas no disco a instalação abaixo é cancelada!!)

chkdsk /f

Fedora 13

A partir do DVD de instalação do Fedora 13 (downloaded in 20100607). Em caso de erros pode ser útil acessar os Linux:Virtual Consoles.

Dar o boot via DVD
Testar a mídia (pode pular esse passo)

Na tela gráfica inicial: clique Next
Escolher linguagem: English
Escolher teclado: Brazilian (ABNT2)
Escolher: Basic Storage Devices
Selecionar o drive: (ATA ST3250318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)

Hostname: cell100.matrix (seguir com cell101,cell102,cell103,...,cell115)
Selecionar time zone: São Paulo
Fornecer senha root e confirmar.

Partições

Criar as partições sem apagar as antigas (NÃO apagar a partição de Recovery que possui tamanho 16386 MB).

Selecionar Create custom layout:
A partição Windows será encolhida para 50000 MB.
- Selecione /dev/sda1.
- Selecione Resize e o tamanho 50000 MB.

Criar partição /boot
- Clique em Create e Standard Partition.
- Em Mount Point selecione /boot
- Em File System Type selecione ext3 (tem de ser do tipo ext3)
- Em Size informe 1000 (MB)
Criar partição swap
- Clique em Create e Standard Partition.
- Em File System Type selecione swap
- Em Size informe 5000 (MB)
Criar partição /
- Clique em Create e Standard Partition.
- Em Mount Point selecione /
- Em File System Type selecione ext4
- Em Size informe 40000 (MB)

Clique em Next e Write changes to disk

Em caso de falha, rodar no windows duas vezes
chkdsk /f

- - https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=502422

Confirme que Fedora é o sistema a ser carregado por Default.

Pacotes

Linux:Pacotes

Selecione o conjunto de pacotes Software Development:
Selecione Customize now para escolher pacotes extras

Selecione os pacotes abaixo

Desktop Environments/XFCE
Desktop Environments/GNOME (ELIMINAR)
Applications/Editors/Emacs
Applications/Editors/vim
Applications/Graphical Internet/Firefox
Applications/Graphical Internet/java-1.6.0
Applications/Graphical Internet/Thunderbird
Applications/Graphics (0)
Development/Deveopment Tools/cmake
Development/GNOME Software Development (0)
Servers/Server Configurations tools
Base System/Administration Tools
base System/System Tools

Outros (Head Node)

Servers/MySQL
Servers/DNS Name
Servers/Windows File System
Applications/Java Development

Welcome

Passos finais de configuração (depois de dar o boot)

Forward
Forward
Crie um usuário comum: dago

Configurações: mestre e escravo

Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):

[root@cell100]$ chkconfig --del bluetooth
[root@cell100]$ chkconfig --del ip6tables
[root@cell100]$ chkconfig --del irda
[root@cell100]$ chkconfig --del speech-dispatcherd
[root@cell100]$ chkconfig --del btseed
[root@cell100]$ chkconfig --del bttrack
[root@cell100]$ chkconfig --del dc-client
[root@cell100]$ chkconfig --del dc-server

- Somente escravo

[root@cell100]$ chkconfig --del cups

Configurações para todos os usuários

[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
#   configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
  PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
  if [ `id -u` = "0" ]; then
    PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  else
    PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  fi
fi

PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH

alias vi=vim

Configurações: mestre

Placa de rede e Internet

Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).

Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS

Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina phum
A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.166

Update

Como possui acesso a internet, basta atualizar os pacotes do Linux

[root@one]$ yum update
[root@one]$ yum install mpich2
[root@one]$ yum install mpich2-devel

TODO: Adicionar comandos para atualização de todos os pacotes via comando!

Hostnames

[root@one]$ vi /etc/hosts
# hostname um.phantom added to /etc/hosts by anaconda
127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix
::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix
192.168.0.100  cell100.matrix      cell100
192.168.0.101  cell101.matrix      cell101
192.168.0.102  cell102.matrix      cell102
143.54.226.61  euler.mat.ufrgs.br  euler
143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter

Firewall

Foi necessário desativar o firewall do linux, via iptables (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [2])

[root@one] /etc/init.d/iptables save
[root@one] /etc/init.d/iptables stop

Se for necessário reiniciar use:

[root@one] /etc/init.d/iptables start

Veja em [3] e [4] e followups.

Escravo: Configurações

Update e Instalação

Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte:

Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo.

tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm
environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm
mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm 
mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm

Importar as keys necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm):

[root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64

ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files

[root@cell100]$ vi /etc/yum.conf
..
gpgcheck=0
..

Instalar usando yum

[root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm     --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm    --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates

Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Comando top

O comando top é utilizado para verificar quais processos estão rodando.

[user] $ top
Tasks: 168 total,   2 running, 166 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  :  1.0%us,  0.8%sy,  0.0%ni, 77.1%id, 20.6%wa,  0.4%hi,  0.0%si,  0.0%st
Cpu1  :  1.3%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 80.8%id, 17.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2031852k total,  1858956k used,   172896k free,   109204k buffers
Swap:  5119988k total,        0k used,  5119988k free,  1028704k cached

  PID USER   PR  NI  VIRT  SHR S %CPU %MEM    TIME+   PPID P   TIME CODE COMMAND
13192 root   20   0  398m 8148 S  3.2  4.8   0:06.85 13168 0   0:06    4 programa1
12793 dago   20   0  544m  18m S  0.3  1.5   0:04.14     1 1   0:04    4 top

Veja o manual com

man top

Opções interessantes: clique no programa top aberto.; h : mostra um help; 1 : mostra um/ou mais processadores; f : adiciona mais colunas. Use j para coluna processador; z : habilita cores; u : mostra um usuário especi~fico; W : Escreve arquivo de configuração

Salve suas configurações com a opção W.

Problemas

O kernel 2.6.32.11-99.fc12.x86_64 NÃO está terminando de dar o boot (tranca depois de habilitar a tela gráfica sem fornecer a caixa para login).

O kernel 2.6.31.5-127.fc12.x86_64 está FUNCIONANDO.

Veja também

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Minicluster:Hardware

@@ Linha 1: / Linha 1: @@
 O pacote [http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads MPICH2] é fornecido para os Linux:
 * Debian 1.2.1
@@ Linha 240: / Linha 239: @@
 * http://www.phy.duke.edu/~rgb/brahma//beowulf_book/beowulf_book.html
 * http://www.westgrid.ca/support/software
+[[Categoria:Minicluster]]

Mudanças entre as edições de "Minicluster:Linux"

Edição das 10h38min de 9 de julho de 2010

Índice

Windows XP

Fedora 13

Partições

Pacotes

Welcome

Configurações: mestre e escravo

Configurações: mestre

Placa de rede e Internet

Update

Hostnames

Firewall

Escravo: Configurações

Update e Instalação

Two cores ALIVE

Comando top

Problemas

Veja também

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