Minicluster:Linux

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Revisão de 00h16min de 17 de junho de 2017 por Dago (Discussão | contribs) (→‎Pacotes Fedora 25)
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O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

  • Debian 1.2.1
    • Ubuntu 1.2 (based on Debian)
  • Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
  • Gentoo
  • FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

  • [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é Fedora 13 e a máquina possui arquitetura x86-64.

Fedora25

  • Download do Fedora-25-Workstation 64 bits.
  • Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)

Partições

Criar as partições.

  • Selecionar Create custom layout. Crie as partições:
    • /boot: 1000 MiB, ext4, /sda1
    • /home: 5 GiB, ext4, /sda2
    • /: 50 GiB, ext4, /sda3
    • /swap: 5 GiB, swap, /sda5


Pacotes Fedora 25

  • Instalar
dnf group install lxde-desktop
  • Instalar
dnf install compat-gcc-49      # gcc antigo 
dnf install terminator


  • Ativar ssh
systemctl enable sshd.service  # habilita iniciar no boot
systemctl start  sshd.service  # inicia o sshd


  • Selecione o conjunto de pacotes Software Development:
  • Selecione Customize now para escolher pacotes extras


Selecione os pacotes abaixo

  • Desktop Environments/XFCE
  • Desktop Environments/GNOME (ELIMINAR)
  • Applications/Editors/Emacs
  • Applications/Editors/vim
  • Applications/Graphical Internet/Firefox
  • Applications/Graphical Internet/java-1.6.0
  • Applications/Graphical Internet/Thunderbird
  • Applications/Graphics (0)
  • Development/Deveopment Tools/cmake
  • Development/GNOME Software Development (0)
  • Servers/Server Configurations tools
  • Base System/Administration Tools
  • base System/System Tools


Outros (Head Node)

  • Servers/MySQL
  • Servers/DNS Name
  • Servers/Windows File System
  • Applications/Java Development

Instalar gcc49

Fedora 13 (antigo)

A partir do DVD de instalação do Fedora 13 (downloaded in 20100607 [Lista de pacotes em ]). Em caso de erros pode ser útil acessar os Linux:Virtual Consoles.

  • Dar o boot via DVD
  • Testar a mídia (pode pular esse passo)
  • Na tela gráfica inicial: clique Next
  • Escolher linguagem: English
  • Escolher teclado: Brazilian (ABNT2)
  • Escolher: Basic Storage Devices
  • Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)
  • Hostname: cell100.matrix (seguir com cell101,cell102,cell103,...,cell115)
  • Selecionar time zone: São Paulo
  • Fornecer senha root e confirmar.

Partições

Criar as partições sem apagar as antigas (NÃO apagar a partição de Recovery que possui tamanho 16386 MB).

  • Selecionar Create custom layout:
  • A partição Windows será encolhida para 50000 MB.
    • Selecione /dev/sda1.
    • Selecione Resize e o tamanho 50000 MB.
  • Criar partição /boot
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em Mount Point selecione /boot
    • Em File System Type selecione ext3 (tem de ser do tipo ext3)
    • Em Size informe 1000 (MB)
  • Criar partição swap
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em File System Type selecione swap
    • Em Size informe 5000 (MB)
  • Criar partição /
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em Mount Point selecione /
    • Em File System Type selecione ext4
    • Em Size informe 40000 (MB)
  • Clique em Next e Write changes to disk
Em caso de falha, rodar no windows duas vezes
chkdsk /f
  • Confirme que Fedora é o sistema a ser carregado por Default.

Pacotes

  • Selecione o conjunto de pacotes Software Development:
  • Selecione Customize now para escolher pacotes extras

Selecione os pacotes abaixo

  • Desktop Environments/XFCE
  • Desktop Environments/GNOME (ELIMINAR)
  • Applications/Editors/Emacs
  • Applications/Editors/vim
  • Applications/Graphical Internet/Firefox
  • Applications/Graphical Internet/java-1.6.0
  • Applications/Graphical Internet/Thunderbird
  • Applications/Graphics (0)
  • Development/Deveopment Tools/cmake
  • Development/GNOME Software Development (0)
  • Servers/Server Configurations tools
  • Base System/Administration Tools
  • base System/System Tools


Outros (Head Node)

  • Servers/MySQL
  • Servers/DNS Name
  • Servers/Windows File System
  • Applications/Java Development


Welcome

Passos finais de configuração (depois de dar o boot)

  • Forward
  • Forward
  • Crie um usuário comum: dago

Configurações: mestre e escravo

  • Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):
[root@cell100]$ chkconfig --del bluetooth
[root@cell100]$ chkconfig --del ip6tables
[root@cell100]$ chkconfig --del irda
[root@cell100]$ chkconfig --del speech-dispatcherd
[root@cell100]$ chkconfig --del btseed
[root@cell100]$ chkconfig --del bttrack
[root@cell100]$ chkconfig --del dc-client
[root@cell100]$ chkconfig --del dc-server


    • Somente escravo
[root@cell100]$ chkconfig --del cups


  • Configurações para todos os usuários
    • Na inicialização:
[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
#   configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
  PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
  if [ `id -u` = "0" ]; then
    PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  else
    PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  fi
fi

PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH

alias vi=vim
    • O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários.

Configurações: mestre

Placa de rede e Internet

Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).

Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS

  • Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina phum
  • A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.166

Update

Como possui acesso a internet, basta atualizar os pacotes do Linux 

[root@one]$ yum update
[root@one]$ yum install mpich2
[root@one]$ yum install mpich2-devel

Adicionar o pacote WakeOnLan 

[root@one]$ yum install wol

TODO: Adicionar comandos para atualização de todos os pacotes via comando!

Hostnames

[root@one]$ vi /etc/hosts
# hostname um.phantom added to /etc/hosts by anaconda
127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix
::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix
192.168.0.100  cell100.matrix      cell100
192.168.0.101  cell101.matrix      cell101
192.168.0.102  cell102.matrix      cell102
143.54.226.61  euler.mat.ufrgs.br  euler
143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter

Firewall

Foi necessário desativar o firewall do linux, via iptables (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [2]) 

[root@one]$ /etc/init.d/iptables save
[root@one]$ /etc/init.d/iptables stop

Se for necessário reiniciar use: 

[root@one]$ /etc/init.d/iptables start

Veja em [3] e [4] e followups.

SELinux

Off no momento. Veja SELinux.

Usuários e grupos

Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos, 

[root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago
[root@one]$ groupadd -g 501 alunos
[root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group
docentes:x:500:
alunos:x:501:

Escravo: Configurações

Update e Instalação

Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte:

  • Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo.
tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm
environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm
mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm 
mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm
  • Importar as keys necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm):
[root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64

ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files 

[root@cell100]$ vi /etc/yum.conf
..
gpgcheck=0
..
  • Instalar usando yum
[root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm     --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm    --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates

Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Comando top

O comando top é utilizado para verificar quais processos estão rodando. 

[user] $ top
Tasks: 168 total,   2 running, 166 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  :  1.0%us,  0.8%sy,  0.0%ni, 77.1%id, 20.6%wa,  0.4%hi,  0.0%si,  0.0%st
Cpu1  :  1.3%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 80.8%id, 17.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2031852k total,  1858956k used,   172896k free,   109204k buffers
Swap:  5119988k total,        0k used,  5119988k free,  1028704k cached

  PID USER   PR  NI  VIRT  SHR S %CPU %MEM    TIME+   PPID P   TIME CODE COMMAND
13192 root   20   0  398m 8148 S  3.2  4.8   0:06.85 13168 0   0:06    4 programa1
12793 dago   20   0  544m  18m S  0.3  1.5   0:04.14     1 1   0:04    4 top

Veja o manual com 

man top
Opções interessantes
clique no programa top aberto.
h : mostra um help
1 : mostra um/ou mais processadores
f : adiciona mais colunas. Use j para coluna processador
z : habilita cores
u : mostra um usuário especi~fico
W : Escreve arquivo de configuração

Salve suas configurações com a opção W.

Kernel

Último kernel instalado: 

[root]$ uname -a
Linux one.matrix 2.6.34.7-61.fc13.x86_64 #1 SMP Tue Oct 19 04:06:30 UTC 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Outras versões:

  • 2.6.33.8-149.fc13.x86_64: [ OK ]
  • 2.6.32.11-99.fc12.x86_64: [ ERRO ] NÃO está terminando de dar o boot (tranca depois de habilitar a tela gráfica sem fornecer a caixa para login).
  • 2.6.31.5-127.fc12.x86_64: [ OK ]


Veja também

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