Minicluster:Linux

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O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

  • Debian 1.2.1
    • Ubuntu 1.2 (based on Debian)
  • Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
  • Gentoo
  • FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

  • [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em contínua atualização. No momento a versão atual é Fedora 12 e a máquina possui arquitetura x86-64.

Windows XP

Optei não apagar a instalação do Windows XP.

  • Ligar a máquina e terminar a instalação do Windows XP
  • Baixar atualizações disponíveis
  • Desfragmentar o drive C:
  • IMPORTANTE: Rodar no windows duas vezes (caso haja falhas no disco a instalação abaixo é cancelada!!)
chkdsk /f

Fedora

A partir do DVD de instalação do Fedora 12 (downloaded in 20100415). Em caso de erros pode ser útil acessar os Linux:Virtual Consoles.

  • Dar o boot via DVD
  • Testar a mídia (pode pular esse passo)
  • Escolher linguagem: English
  • Escolher teclado: Brazilian (ABNT2)
    • Basic Storage
  • Hostname: cell100.matrix (seguir com cell101,cell102,cell103,...,cell115)
  • Selecionar time zone: São Paulo

Partições

O Harddisk (ATA ST3250318AS) possui tamanho 238473 MB (NÃO apagar a partição de Recovery que possui tamanho 16386 MB).

  • Selecionar Create custom layout:
  • A partição Windows será encolhida para 50000 MB.
    • Selecione /dev/sda1.
    • Selecione Resize e o tamanho 50000 MB.
  • Criar partição /boot
    • Clique em new.
    • Em Mount Point selecione /boot
    • Em File System Type selecione ext3 (tem de ser do tipo ext3)
    • Em Size informe 1000 (MB)
  • Criar partição swap
    • Clique em new.
    • Em File System Type selecione swap
    • Em Size informe 5000 (MB)
  • Criar partição /
    • Clique em new.
    • Em Mount Point selecione /
    • Em File System Type selecione ext4
    • Em Size informe 40000 (MB)
Em caso de falha, rodar no windows duas vezes
chkdsk /f

Pacotes

  • Selecione o conjunto de pacotes Software Development:
  • Selecione Customize now para escolher pacotes extras

Selecione os pacotes abaixo

  • Desktop Environments/XFCE
  • Desktop Environments/GNOME (ELIMINAR)
  • Applications/Editors/Emacs
  • Applications/Editors/vim
  • Applications/Graphical Internet/Firefox
  • Applications/Graphical Internet/java-1.6.0
  • Applications/Graphical Internet/(Elimine o resto)
  • Applications/Graphics (0)
  • Development/Deveopment Tools/cmake
  • Development/GNOME Software Development (0)
  • Servers/Server Configurations tools
  • Base System/Administration Tools
  • base System/System Tools


Outros (Head Node)

  • Servers/MySQL
  • Servers/DNS Name
  • Servers/Windows File System

Depois de instalar

Para entrar na internet

  • Foi informado o nome da máquina phum (seguindo phdois,phtres,...)
    • Recebeu o IP 143.54.226.166

Update

Atualizar os pacotes do Linux 

yum update
yum install mpich\*


Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Comando top

O comando top é utilizado para verificar quais processos estão rodando. 

[user] $ top
Tasks: 168 total,   2 running, 166 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  :  1.0%us,  0.8%sy,  0.0%ni, 77.1%id, 20.6%wa,  0.4%hi,  0.0%si,  0.0%st
Cpu1  :  1.3%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 80.8%id, 17.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2031852k total,  1858956k used,   172896k free,   109204k buffers
Swap:  5119988k total,        0k used,  5119988k free,  1028704k cached
 
  PID USER   PR  NI  VIRT  SHR S %CPU %MEM    TIME+   PPID P   TIME CODE COMMAND
13192 root   20   0  398m 8148 S  3.2  4.8   0:06.85 13168 0   0:06    4 programa1
12793 dago   20   0  544m  18m S  0.3  1.5   0:04.14     1 1   0:04    4 top

Veja o manual com 

man top
Opções interessantes
clique no programa top aberto.
h : mostra um help
1 : mostra um/ou mais processadores
f : adiciona mais colunas. Use j para coluna processador
z : habilita cores
u : mostra um usuário especĩfico
W : Escreve arquivo de configuração

Salve suas configurações com a opção W.

Problemas

  • O kernel 2.6.32.11-99.fc12.x86_64 NÃO está terminando de dar o boot (tranca depois de habilitar a tela gráfica sem fornecer a caixa para login).
  • O kernel 2.6.31.5-127.fc12.x86_64 está FUNCIONANDO.

Veja também


Fedora 13

O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

  • Debian 1.2.1
    • Ubuntu 1.2 (based on Debian)
  • Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
  • Gentoo
  • FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

  • [2] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em contínua atualização. No momento a versão atual é Fedora 13 e a máquina possui arquitetura x86-64.

Windows XP

Optei não apagar a instalação do Windows XP.

  • Ligar a máquina e terminar a instalação do Windows XP
  • Baixar atualizações disponíveis
  • Desfragmentar o drive C:
  • IMPORTANTE: Rodar no windows duas vezes (caso haja falhas no disco a instalação abaixo é cancelada!!)
chkdsk /f

Fedora

A partir do DVD de instalação do Fedora 13 (downloaded in 20100607). Em caso de erros pode ser útil acessar os Linux:Virtual Consoles.

  • Dar o boot via DVD
  • Testar a mídia (pode pular esse passo)
  • Na tela gráfica inicial: clique Next
  • Escolher linguagem: English
  • Escolher teclado: Brazilian (ABNT2)
  • Escolher: Basic Storage Devices
  • Selecionar o drive: (ATA ST3250318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)
  • Hostname: cell100.matrix (seguir com cell101,cell102,cell103,...,cell115)
  • Selecionar time zone: São Paulo
  • Fornecer senha root e confirmar.

Partições

Criar as partições sem apagar as antigas (NÃO apagar a partição de Recovery que possui tamanho 16386 MB).

  • Selecionar Create custom layout:
  • A partição Windows será encolhida para 50000 MB.
    • Selecione /dev/sda1.
    • Selecione Resize e o tamanho 50000 MB.
  • Criar partição /boot
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em Mount Point selecione /boot
    • Em File System Type selecione ext3 (tem de ser do tipo ext3)
    • Em Size informe 1000 (MB)
  • Criar partição swap
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em File System Type selecione swap
    • Em Size informe 5000 (MB)
  • Criar partição /
    • Clique em Create e Standard Partition.
    • Em Mount Point selecione /
    • Em File System Type selecione ext4
    • Em Size informe 40000 (MB)
  • Clique em Next e Write changes to disk
Em caso de falha, rodar no windows duas vezes
chkdsk /f
  • Confirme que Fedora é o sistema a ser carregado por Default.

Pacotes

Selecionar alguns pacotes a mais para instalar:

  • Applications/Editions/emacs
  • Applications/Eng Scientific
  • Applications/Graphical Internet/Thunderbird
  • Applications/Java Development
  • Servers/MySQL
  • Servers/DNS Name
  • Servers/Server Configurations tools
  • Servers/Windows File System

Depois de instalar

Para entrar na internet

  • Foi informado o nome da máquina phum (seguindo phdois,phtres,...)
    • Recebeu o IP 143.54.226.166

Update

Atualizar os pacotes do Linux 

yum update
yum install mpich\*

Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Comando top

O comando top é utilizado para verificar quais processos estão rodando. 

[user] $ top
Tasks: 168 total,   2 running, 166 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  :  1.0%us,  0.8%sy,  0.0%ni, 77.1%id, 20.6%wa,  0.4%hi,  0.0%si,  0.0%st
Cpu1  :  1.3%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 80.8%id, 17.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2031852k total,  1858956k used,   172896k free,   109204k buffers
Swap:  5119988k total,        0k used,  5119988k free,  1028704k cached
 
  PID USER   PR  NI  VIRT  SHR S %CPU %MEM    TIME+   PPID P   TIME CODE COMMAND
13192 root   20   0  398m 8148 S  3.2  4.8   0:06.85 13168 0   0:06    4 programa1
12793 dago   20   0  544m  18m S  0.3  1.5   0:04.14     1 1   0:04    4 top

Veja o manual com 

man top
Opções interessantes
clique no programa top aberto.
h : mostra um help
1 : mostra um/ou mais processadores
f : adiciona mais colunas. Use j para coluna processador
z : habilita cores
u : mostra um usuário especĩfico
W : Escreve arquivo de configuração

Salve suas configurações com a opção W.

Problemas

  • O kernel 2.6.32.11-99.fc12.x86_64 NÃO está terminando de dar o boot (tranca depois de habilitar a tela gráfica sem fornecer a caixa para login).
  • O kernel 2.6.31.5-127.fc12.x86_64 está FUNCIONANDO.
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