Minicluster:Linux

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Para versão Fedora13, ver Minicluster:Linux:Fedora13

O pacote MPICH2 é fornecido para os Linux:

  • Debian 1.2.1
    • Ubuntu 1.2 (based on Debian)
  • Fedora/RHEL/CentOS 1.2.1
  • Gentoo
  • FreeBSD 1.2.1

Uma opinião do controle de Tsunamis

  • [1] We tried several Linux flavours, including Red Hat, Mandrake, Fedora etc,...Debian as the most stable in servers, especially when things are being done pretty much in automatic mode. In our workstations the preference among programmers is Ubuntu, which is basically Debian-based...

Mesmo assim, não há preferências claras e acabamos escolhendo o Fedora pois possui ampla documentação na internet e está em continua atualização. No momento a versão atual é Fedora 13 e a máquina possui arquitetura x86-64.

Fedora25

  • Download do Fedora-25-Workstation 64 bits.
  • Selecionar o drive: (ATA ST32500318AS) com tamanho 238475 MB (Serial Number 9VY0K045)

Partições

Criar as partições.

  • Selecionar Create custom layout. Crie as partições:
    • /boot: 1000 MiB, ext4, /sda1
    • /home: 5 GiB, ext4, /sda2
    • /: 50 GiB, ext4, /sda3
    • /swap: 5 GiB, swap, /sda5

Seta o nome da máquina mestre: 

hostnamectl set-hostname one

Pacotes Fedora 25

  • Instalar
dnf group install lxde-desktop
  • Remover
dnf remove vim-minimal     # conflito com o vim-enhanced abaixo
  • Instalar
dnf install sudo               # removido com o comando acima?
dnf install htop atop
dnf install vim-enhanced  emacs
dnf install terminator
dnf install gcc-gfortran gcc-g++
dnf install mariadb php
  • Ativar ssh
systemctl enable sshd.service  # habilita iniciar no boot
systemctl start  sshd.service  # inicia o sshd


  • Outros:

Configurações: mestre e escravo

  • Desabilitar alguns serviços (ver Serviços):
systemctl disable bluetooth.service
  • Outros servicos desabilitados no fedora13: ip6tables,irda, speech-dispatcherd, btseed, bttrack, dc-client, dc-server
  • Desabilitados nos escravos fedora13: cups
  • Configurações para todos os usuários
    • Na inicialização:
[root@one]$ vi /etc/profile.d/usuarios.sh
#   configuracoes pessoais
if [ "$PS1" ]; then
  PS1="[\u@\h:\l \W]\\$ ";
  if [ `id -u` = "0" ]; then
    PS1='\[\033[01;31m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  else
    PS1='\[\033[01;33m\]\u\[\033[01;37m\]@\[\033[01;32m\]\h\[\033[01;34m\] \w \[\033[01;33m\]\$\[\033[00;37m\] ';
  fi
fi

PATH=$PATH:$HOME/bin
export PATH

alias vi=vim
# LANG="en_US.UTF-8"

Dica: O que estiver no diretório /etc/skel (testar) é copiado para todos os usuários.

Configurações: mestre

Placa de rede e Internet

Na máquina mestre foi adicionada uma placa de rede extra para comunicação com o exterior (na verdade essa está ligada ao switch e a placa onboard está ligada a web).

Apenas na primeira vez foi necessário liberar a placa de rede onboard para acessar a rede UFRGS

  • Usando o Firefox, foi informado o nome da máquina one
  • A máquina mestre recebeu o IP 143.54.226.116

Update

Atualizar os pacotes do Linux 

dnf update dnf
dnf update

Instalar openmpi. Ver [2]. (No F13 tinhamos mpich2 e mpich2-devel) 

dnf install openmpi

Adicionar o pacote WakeOnLan 

dnf install wol

Hostnames

[root@one]$ vi /etc/hosts
# hostname um.phantom added to /etc/hosts by anaconda
127.0.0.1   localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 one.matrix
::1         localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6 one.matrix
192.168.0.100  cell100.matrix      cell100
192.168.0.101  cell101.matrix      cell101
192.168.0.102  cell102.matrix      cell102
143.54.226.61  euler.mat.ufrgs.br  euler
143.54.226.118 hunter.mat.ufrgs.br hunter

Firewall

Foi necessário desativar o firewall do linux, via iptables (configurar de maneira correta seria uma opção melhor, mas para o momento deixamos sem [3]) 

[root@one]$ /etc/init.d/iptables save
[root@one]$ /etc/init.d/iptables stop

Se for necessário reiniciar use: 

[root@one]$ /etc/init.d/iptables start

Veja em [4] e [5] e followups.

SELinux

Off no momento. Veja SELinux.

Usuários e grupos

Mudar o grupo 500 para grupo docentes e adicionar o grupo 501 alunos, 

[root@one]$ groupmod -g 500 -n docentes dago
[root@one]$ groupadd -g 501 alunos
[root@one]$ grep 50[0-1] /etc/group
docentes:x:500:
alunos:x:501:

Escravo: Configurações

Update e Instalação

Não possui acesso a internet. Existem várias possibilidades, porém estou tentando o seguinte:

  • Baixar os pacotes .rpm necessários na máquina mestre e copiá-los para a máquina escravo.
tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm
environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm
mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm 
mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm
  • Importar as keys necessárias para instalar os pacotes (não instalou direito usando apenas rpm):
[root@cell100]$ rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-fedora-x86_64

ou melhor ainda, editar /etc/yum.conf para não reclamar sobre signature files 

[root@cell100]$ vi /etc/yum.conf
..
gpgcheck=0
..
  • Instalar usando yum
[root@cell100]$ yum localinstall tcl-8.5.7-5.fc13.x86_64.rpm     --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall environment-modules-3.2.7b-7.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm    --disablerepo=fedora --disablerepo=updates
[root@cell100]$ yum localinstall mpich2-devel-1.2.1p1-2.fc13.x86_64.rpm --disablerepo=fedora --disablerepo=updates

Two cores ALIVE

grep -i core /proc/cpuinfo

model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 0
cpu cores       : 2
model name      : Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU     E7500  @ 2.93GHz
core id         : 1
cpu cores       : 2

Comando top

O comando top é utilizado para verificar quais processos estão rodando. 

[user] $ top
Tasks: 168 total,   2 running, 166 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
Cpu0  :  1.0%us,  0.8%sy,  0.0%ni, 77.1%id, 20.6%wa,  0.4%hi,  0.0%si,  0.0%st
Cpu1  :  1.3%us,  0.9%sy,  0.0%ni, 80.8%id, 17.0%wa,  0.0%hi,  0.0%si,  0.0%st
Mem:   2031852k total,  1858956k used,   172896k free,   109204k buffers
Swap:  5119988k total,        0k used,  5119988k free,  1028704k cached

  PID USER   PR  NI  VIRT  SHR S %CPU %MEM    TIME+   PPID P   TIME CODE COMMAND
13192 root   20   0  398m 8148 S  3.2  4.8   0:06.85 13168 0   0:06    4 programa1
12793 dago   20   0  544m  18m S  0.3  1.5   0:04.14     1 1   0:04    4 top

Veja o manual com 

man top
Opções interessantes
clique no programa top aberto.
h : mostra um help
1 : mostra um/ou mais processadores
f : adiciona mais colunas. Use j para coluna processador
z : habilita cores
u : mostra um usuário especi~fico
W : Escreve arquivo de configuração

Salve suas configurações com a opção W.

Kernel

Último kernel instalado: 

[root]$ uname -a
Linux one.matrix 2.6.34.7-61.fc13.x86_64 #1 SMP Tue Oct 19 04:06:30 UTC 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Outras versões:

  • 2.6.33.8-149.fc13.x86_64: [ OK ]
  • 2.6.32.11-99.fc12.x86_64: [ ERRO ] NÃO está terminando de dar o boot (tranca depois de habilitar a tela gráfica sem fornecer a caixa para login).
  • 2.6.31.5-127.fc12.x86_64: [ OK ]

Veja também

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